نئاندرتال‌ها منقرض نشده‌اند:
آمیزش دامنه‌دار نئاندرتال با انسان هوشمند
در سال ۱۸۵۶، سه سال قبل از انتشار کتاب منشأ انواع، اولین فسیل انسان نئاندرتال [مربوط به مردی که حدود چهل‌هزارسال پیش زیسته بود] در دره‌ی نئاندرتال آلمان یافت شد. این اولین باری نبود که فسیل انسانی عجیب پیدا می‌شد اما اولین باری بود که پذیرفته شد این استخوان‌ها مربوط به انسان هوشمند نیست.
انسان هوشمند چه نسبتی با انسان نئاندرتال داشته؟ آیا با هم جنگیده و نئاندرتال‌ها طی جنگ منقرض شده‌اند؟ یا آن‌طور که در سال‌های اخیر شایع‌شده با هم آمیزش داشته‌اند؟ نظریه‌ای نیز که در ۱۹۸۹ مطرح شد می‌گفت که احتمالاً تعداد نئاندرتال‌ها کم بوده و در جمعیت بزرگ‌تر انسان‌های هوشمند جذب شده‌اند.
چگونه می‌توان میان چنین نظریه‌هایی داوری کرد؟ پیشرفت‌های ژنتیک به‌نحوی معجزه‌وار نوری بر تاریکی‌هایِ گذشته‌هایی که ظاهراً راهی بر اکتشاف آنها وجود ندارد انداخته‌اند. مطابق پژوهشی که در ساینس منتشرشده نئاندرتال‌ها منقرض نشده‌اند بلکه در جمعیت انسان هوشمند جذب شده‌اند.
در این پژوهش از روشی ابداعی استفاده شده است که آن را چهارسال پیش همین تیم پژوهشی ابداع کرد. در روش‌های قبلی جمعیتی از افراد، مثلاً در آفریقا، به‌عنوان جمعیت مرجع و خالص از ترکیب با نئاندرتال‌ها انتخاب می‌شد. سپس تفاوت‌های ژنتیکی این عده، با مردم اروپا که در مجاورت نئاندرتال‌ها می‌زیستند و همچنین با ژن‌هایی که از فسیل نئاندرتال‌ها به‌دست آمده بود مقایسه می‌شد. تمامی گزارش‌های قبلی که نشان می‌داد نئاندرتال‌ها با انسان هوشمند آمیزش داشته‌اند با این روش مطالعه شده بود.
این شیوه با مشکلی اصلی مواجه بود: اینکه امکان بازگشت نئاندرتال‌ها به آفریقا را نادیده می‌گرفت. چه‌بسا نئاندرتال‌ها به آفریقا بازگشته باشند و جمعیت مرجع آزمایش در آفریقا که فاقد ژن نئاندرتال درنظر گرفته می‌شد چندان هم خالص نبوده باشد.
به‌علاوه در شیوه‌های رایج قبلی به دنبال اثری از ژن‌های نئاندرتال در انسان هوشمند بودند. این‌بار نیز همین کار را کردند اما علاوه‌برآن این امکان را سنجیدند که اگر این دو گونه آمیزش داشته‌اند قاعدتاً باید به دنبال اثری از ژن‌های انسان هوشمند در نئاندرتال نیز باشیم. با همین کار بود که ردپای ژن‌های انسان هوشمند را در ژنوم نئاندرتال‌ها یافتند. مطابق این پژوهش نئاندرتال‌ها بین ۲/۵ تا ۳/۷ درصد از ژنوم انسان هوشمند را دارا بودند.
مطابق این پژوهش، در سه دوره‌ی نسبتاً طولانی، اولی از ۲۵۰ تا ۲۰۰ هزارسال پیش، دومی از ۱۲۰ تا ۱۰۰ هزارسال پیش، و سومی از ۶۰ تا ۵۰ هزارسال پیش ارتباط‌های وثیقی میان نئادرتال‌ها و انسان‌های هوشمند برقرار بوده است. زادگان موج اولِ آمیزش در میان نئاندرتال‌ها بزرگ شده‌اند. یافته‌ی دیگر پژوهش این بود که تعداد نئاندرتال‌ها از تخمین‌های قبلی کمتر بوده و جمعیتی حدود ۲۴۰۰ نفر بوده‌اند. مطابق این پژوهش هرچند احتمالاً بخشی از این تعداد منقرض شده‌اند اما بهتر است از جذب این عده در جمعیت انسان هوشمند در حدود سی‌هزارسال پیش سخن بگوییم.
نگاهی به روش جدید
عموماً در علم نقش روش‌های جدید مهم‌تر از نقش داده‌های جدید است. در روش احتمالاتی جدید که نامش IBDmix است به جای آنکه ژنوم نئاندرتال را با یک فایل از انسان‌های افریقایی، که به اشتباه خالص فرض می‌شده، مقایسه کنند ژنوم نئاندرتال‌ها را مرجع قرار می‌دهند و سپس ژنوم انسان‌های امروز را با آن مقایسه می‌کنند.
بخش‌های بزرگی از ژنوم این دو گونه کاملاً مشترک است. این بخش به کنار؛ از الگوریتم می‌خواهند که به سراغ بخش‌هایی که تنوع دارد برود و مثلاً بخش‌هایی از دی‌ان‌ای نئاندرتال را در ژنوم انسان‌های مدرن ردیابی کند. هر چه طول قطعه بزرگ‌تر باشد نقش شانسی‌بودن این تقارن کمتر می‌شود. الگوریتم نرخ جهش را هم درنظر دارد. زیرا ممکن است که به علت جهش‌هایی، این توالی‌ها دقیقاً یکی نباشند. بنابراین یک عملیات مبتنی بر احتمالات آغاز می‌شود که در آن هم نرخ جهش درنظر گرفته می‌شود و هم طول توالی مشابه. و به این ترتیب می‌توان زمان آمیزش را تخمین زد.
اگر مشخص شود نرخ جهش‌های خنثی در سرمای محل زندگی نئاندرتال‌ها کمتر بوده، یکی از پیش‌فرض‌های اصلی پژوهش با مشکل مواجه می‌شود؛ البته تا وقتی چنین یافته‌ای معرفی نشود پذیرش نتایج کنونی معقول است. (همانطور که فرض خالص‌بودنِ برخی اقوام افریقایی از ژن‌های نئاندرتال‌ها نادرست درآمد.)
با ورود الگوریتم‌هایی که داده‌های بزرگ را پردازش می‌کنند عینیتِ نظریه‌های علمی، و نقش آزمایش در علم، معانی جدیدی پیدا کرده که فلسفه‌ی علم کمتر به آن پرداخته است. با گسترش به کارگیری الگوریتم‌ها نه فقط علوم تجربی، بلکه حتی هنر (هنر دیجیتال)، اقتصاد (رمزارزها)، و دیگر وجوه زندگی نیز تغییرات مفهومی مهمی را از سر می‌گذرانند که فلسفه باید به آن بپردازد.